Το 1904 ιδρύεται μια μυστική εταιρεία, στην πόλη της Μερζιφούντας,με στόχος την δημιουργία της «Ανεξάρτητης Ποντιακής Δημοκρατίας». Το κίνημα έλαβε σημαντική λαϊκή υποστήριξη στις δεκαετίες του 1910 και του 1920. Ο Μητροπολίτης Τραπεζούντας Χρύσανθος – Ο μετέπειτα Αρχιεπίσκοπος Αθηνών-, έγινε σημαντικό πρόσωπο της εκστρατείας υπέρ της ανεξάρτητης Δημοκρατίας του Πόντου. Οι διεθνείς εταιρείες των Πόντιων συνδέθηκαν με την Ποντιακή Εταιρεία της Μερζιφούντας και έκαναν σημαντικές πιέσεις υπέρ της δημιουργίας ενός ανεξάρτητου ποντιακού κράτους, κυρίως στη Ρωσία και τις ΗΠΑ. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, ο Λεωνίδας Ιασωνίδης έγινε ο κύριος ηγέτης του κινήματος υπέρ της ίδρυσης ανεξάρτητης Δημοκρατίας του Πόντου.
Από το 1916 είχε όμως ξεκινήσει η Γενοκτονία από τους Νεότουρκους. Το 1916 όμως κατά τη διάρκεια του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου, η Τραπεζούντα περνάει στα χέρια των Ρωσικών δυνάμεων, υποκινώντας την ιδέα ανεξάρτητου ποντιακού κράτους. Τελικά οι Μπολσεβίκοι παίρνουν την εξουσία με την Οκτωβριανή Επανάσταση (στις 7 Νοεμβρίου 1917) και οι Ρωσικές δυνάμεις αποχωρούν από τη περιοχή για να συμμετάσχουν στον Ρωσικό Εμφύλιο Πόλεμο (1917 – 1923). Πρώτα οι Νεοτούρκοι και έπειτα δυνάμεις των Κεμαλιστών αναλαμβάνουν δράση στην περιοχή εφαρμόζοτας την πολιτική του εκτουρκισμού, τις πορείες θανάτου στο ορεινό έδαφος της Τουρκίας, την καταναγκαστική εργασία στα τάγματα εργασίας της Μικρασίας και τις σφαγές του αιμοσταγή Τοπάλ Οσμάν. Έτσι όλα αυτά υποχρεώνουν τους Ποντίους να δημιουργήσουν ομάδες αυτοάμυνας.
Παράλληλα στις 8 Ιανουαρίου 1918 ο Αμερικανός πρόεδρος Γούντροου Ουίλσον δημοσίευσε τα Δεκατέσσερα Σημεία του για μια μεταπολεμική τάξη. Το δωδέκατο σημείο ανέφερε τα εξής: «Το τουρκικό τμήμα της παρούσας Οθωμανικής Αυτοκρατορίας θα πρέπει να εξασφαλίζεται ως ασφαλές και κυρίαρχο, ενώ στις εθνικότητες οι οποίες βρίσκονται σήμερα υπό τουρκική κυριαρχία θα πρέπει να εξασφαλιστεί μια αδιαμφισβήτητη ασφάλεια της ζωής και μια απολύτως ανενόχλητη ευκαιρία για αυτόνομη ανάπτυξη. Τα δε Δαρδανέλια θα πρέπει να ανοίξουν οριστικά, και η ελεύθερη διέλευση των πλοίων και του δι’ αυτών εμπορίου, με όφελος όλων των εθνών θα πρέπει να καλύπτεται με διεθνείς εγγυήσεις.». Αυτή η διακήρυξη οδήγησε σε σημαντικές εξελίξεις εκ μέρος των μη τουρκικών εθνοτήτων στη Μικρασία, συμπεριλαμβανομένου του Πόντου. Το 1918–1919, ο Έλληνας πρωθυπουργός Ελευθέριος Βενιζέλος ξεκίνησε μια διαδικασία καταβολής οικονομικής ενίσχυσης στους Πόντιους που μετανάστευσαν στη Ρωσία λόγω των ταραχών πριν αλλά και κατά τη διάρκεια του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου, με στόχο τον επαναπατρισμό τους. Μετά την ανακωχή του Μούδρου μεταξύ της Ανταντ και της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας που σηματοδοτεί και το τέλος του Α’ Π.Π. , κατέφθασαν βρετανικά στρατεύματα στη Σαμψούντα, τα οποία κατέλαβαν μεγάλο μέρος του Πόντου.
Περίπου την ίδια περίοδο, καθώς άρχιζαν οι διαπραγματεύσεις στη Συνδιάσκεψη Ειρήνης του Παρισιού το 1919 με στόχο τη λύση των εδαφικών ζητημάτων στην Οθωμανική Αυτοκρατορία, ο Χρύσανθος κατέφθασε στις 29 Απριλίου 1919 προκειμένου να ασκήσει πιέσεις υπέρ της ανεξαρτησίας του Πόντου. Εκεί παρουσίασε μια δεκαοχτασέλιδη έκθεση με επιχειρήματα υπέρ της ίδρυσης της Αυτόνομης Δημοκρατίας του Πόντου. Η προτεινόμενη Δημοκρατία του Πόντου επρόκειτο να συμπεριλάβει τις επαρχίες Τραπεζούντας, Σαμψούντας, Σινώπης και Αμάσειας. Τα εδάφη της δημοκρατίας του Πόντου κάλυπταν το μεγαλύτερο μέρος του βορειοανατολικού μέρος του τουρκικού γεωγραφικού διαμερίσματος του Ευξείνου Πόντου.
Στη διάσκεψη, ο Βενιζέλος πίστευε ότι μια ανεξάρτητη δημοκρατία του Πόντου ήταν πολύ απομακρυσμένη για να παρασχεθεί ελληνική στρατωτική βοήθεια και εξαιρετικά αδύναμη να υπερασπιστεί τον εαυτό της έναντι μιας τουρκικής επίθεσης. Γι’ αυτό, ο Βενιζέλος ήταν κατά της δημιουργίας ενός ποντιακού κράτους και η συζήτηση για μια ενδεχόμενη ποντιακή ανεξαρτησία τελείωσε σε μεγάλο βαθμό. Αργότερα, ο Βενιζέλος πρότεινε την ένταξη της επαρχίας Τραπεζούντας στο νεοσύστατο αρμενικό κράτος, αλλά η ιδέα δεν απέκτησε την εύνοια των Συμμάχων. Η συζήτηση για την παραχώρηση της Τραπεζούντας στην Αρμενία σύντομα έκλεισε, λόγω του τουρκοαρμενικού πολέμου, του «πολέμου ανεξαρτησίας» της Τουρκίας και την κατάληψη της Αρμενίας από τους Μπολσεβίκους, ένα χρόνο αργότερα.
Αυτόνομη Δημοκρατία του Πόντου
Η Αυτόνομη Δημοκρατία του Πόντου ήταν μια ιδέα των Ποντίων ηγετών για την απόκτηση της πολιτικής ανεξαρτησίας, λόγω του ότι από το 1916 είχε ξεκινήσει η Γενοκτονία από τους Νεότουρκους. Η προσπάθεια αυτή άρχισε το 1917 και κατέρρευσε οριστικά με τη Μικρασιατική Καταστροφή του 1922. Οι περιορισμένες δυνατότητες της Ελλάδας λόγω της καθυστερημένης εισόδου στον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο δεν επέτρεψαν την υποστήριξη των ποντιακών αιτημάτων.
Οι Πόντιοι θα παρέμβουν ως δεύτερη ελληνική αντιπροσωπεία στο Συνέδριο Ειρήνης στο Παρίσι τον Δεκέμβριο του 1919, διεκδικώντας χωρίς επιτυχία την πολιτική αυτονομία του μικρασιατικού Πόντου. Στη Συνδιάσκεψη αγνοήθηκε το Ζήτημα του Πόντου, ενώ ο ίδιος μοιράστηκε σε δύο τμήματα: το δυτικό τμήμα θα ανήκε στην Τουρκία και το Ανατολικό στην Αρμενία.
Στις προτάσεις των Ποντίων αυτονομιστών, η Τραπεζούντα θα ήταν η πρωτεύουσα της Δημοκρατίας, το οικόσημο θα ήταν ο μονοκέφαλος αετός, σύμβολο της δυναστείας των Κομνηνών, των κυβερνητών της αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας.
Τελικά η εμφάνιση του εθνικιστικού κεμαλικού κινήματος οδήγησε στην ολοκλήρωση της Γενοκτονίας που είχε ήδη ξεκινήσει το 1916. Οι επιζώντες Έλληνες του Πόντου απελάθηκαν για την Ελλάδα μετά την υπογραφή της Συνθήκης της Λωζάννης.
Ένα μεγάλο μέρος των Ποντίων μετεγκαταστάθηκαν κατά τη διάρκεια των μαχών και μετά τη συνθήκη της Λωζάνης το 1923, κατά τη διάρκεια της ελληνοτουρκικής ανταλλαγής πληθυσμού. Σύμφωνα με τις καταγραφές 182.169 Πόντιοι εκτοπίστηκαν λόγω της ανταλλαγής πληθυσμού. Πολλοί Πόντιοι έφυγαν για τη Σοβιετική Ένωση, που ήταν ο χώρος παλαιότερων ποντιακών μεταναστεύσεων και έτσι είχαν οικογενειακή σύνδεση. Οι περισσότεροι από τους υπόλοιπους μετεγκαταστάθηκαν στην Ελλάδα όπου τους δόθηκαν πλήρη πολιτικά δικαιώματα και ιθαγένεια. Σήμερα, οι Πόντιοι της Ρωσίας που μεταναστεύουν από τη Ρωσία λαμβάνουν παρόμοια προνόμια.
Βυθοσκόπιο 